Історія собору в 11 – поч. 17 ст.
Собор є визначною пам’яткою історії національного значення. Він втілив у собі тисячолітню історію України, синтезував релігійні, суспільно-політичні та естетичні почування українського народу. Храм народжений добою християнізації Русі, яка ознаменувала кульмінаційний етап у зростанні на величезних обширах Східної Європи могутнього слов’янського державного утворення. У східнохристиянському світі кафедральні Софійські храми були атрибутом суверенної державності, тож своїм величним образом, архітектурними формами та художнім вирішенням Софія Київська ознаменувала появу на світовій арені нової християнської Русі. Вона стала духовним, політичним і культурним центром Русі.
Під 1037 літопис повідомляє про влаштування Ярославом Мудрим при соборі книгозбірні зі скрипторієм, де перекладалися і переписувалися книжки.
Собор був центром Київської митрополії, перебував в епіцентрі державних подій. Під його склепіннями лунали голоси великих ієрархів – митрополитів Київських, князів і гетьманів Руси-України, які розбудовували національну державу і церкву. У літописах є відомості про традицію церковного благословення у Святій Софії київських князів, коли вони посідали великокняжий престол: 1151 – В’ячеслав Володимирович, 1194 – Рюрик Ростиславич.
Чимало літописних свідчень стосується часів князя Ізяслава Мстиславича, онука Володимира Мономаха. 1146, відібравши Київ у Ольговичів, він «приїхав до Святої Софії і поклонився святій Богородиці, і сів на столі діда свого і отця свого». Войовничий Ізяслав тричі (1146, 1150, 1151) здобував Київ у вирі династичних війн і щоразу виконував у Софії священний обряд посідання великокняжого престолу. Під 1147 Ізяслав, як і його прапрадід Ярослав, поставив у Софії митрополитом русича Клима Смолятича разом із собором руських єпископів без санкції Константинополя. У вересні того ж року, звертаючись за підтримкою до киян, Ізяслав звелів скликати до Софії віче, на яке всі кияни зійшлися «од малого до великого».
У березні 1169 північно-руські князі, очолювані Мстиславом, сином ростово-суздальського князя Андрія Боголюбського, рушили великим походом на стародавню столицю Русі. Претендуючи на зверхність у Руській державі, Андрій Боголюбський намагався знищити політичну роль Києва, розтоптати його велич і славу. Під час дводенного погрому міста було пограбовано і собор Святої Софії. 1204 Київ взяв Рюрик Ростиславич, який разом з чернігівськими Ольговичами та половцями також пограбував собор. 1240 Київ захопили війська хана Батия, Свята Софія була спустошена.
За митрополита Київського Кирила ІІ (1242 – 80) розорену Святу Софію відновили. Кирило ІІ очолював Руську церкву майже 40 років за найважчих часів монголо-татарського ярма. Вперше згадується як поставлений, однак нерукоположений митрополит у 1242 – 43 в оточенні Данила Галицького, котрий, оволодівши Києвом ще до Батиєвої навали, номінально залишався київським князем. 1246 князь відправив Кирила до патріарха Константинопольського для висвячення в митрополити, яке відбулося 1247. Політика митрополита мала наслідком посилення єдності церковної організації на теренах роздрібненої Русі і зміцнення митрополії.
1 серпня 1267 він одержав від хана Менгу-Тимура ярлик (жалувану грамоту), що забезпечував віротерпимість ординської влади щодо православної церкви. Духівництво звільнили від податків, церковне майно визнали недоторканним, залежні від церкви люди одержали пільги. Вважається, що аналогічні поступки Кирило ІІ отримував і раніше від ханів Батия і Берке. 1273 він скликав у соборі Святої Софії Київський помісний собор, на якому було засуджено зловживання серед церковних чинів, схвалено збірку церковних законів – Кормчу книгу. Митрополит часто подорожував по єпархіях, висвятив багатьох православних архієреїв. Вважав своєю столицею Київ, хоч мав резиденцію й у Владимирі-на-Клязьмі. Помер у ПереяславльЗалєському (тепер Ярославська обл., РФ), похований у соборі Святої Софії за його заповітом.
Як за Кирила ІІ, так і за його наступника Максима (1283 – 1305), в Софії відбувалися поставлення ієрархів на єпископські кафедри Русі. Відомо, зокрема, що 1284 тут був скликаний собор єпископів. Отже, і після монгольського завоювання Свята Софія відігравала роль резиденції митрополита, який здійснював звідси управління над 19 руськими єпархіями.
Однак розорена і спустошена Південна Русь, яка терпіла від монгольських набігів, не могла бути надійним пристановищем для вищої церковної влади. 1300 митрополит Київський Максим остаточно переніс митрополичу резиденцію у Владимир-на-Клязьмі, а його наступник Петро (Ратенський; 1308 – 26) переніс 1322 резиденцію у Москву, хоча офіційно кафедра залишалась у Софії Київській. При соборі існував митрополичий двір, де мешкали митрополити під час перебування в Києві: 1303 – 25 – митрополит Петро, у 1380-х рр. – Кипріян Цамблак, 1408 – Фотій.
У 14 ст. Південно-Західна Русь підпала під владу Литовської держави. Тоді було створено осібну Київську митрополію для православних підданих литовського князя. Проте південно-руські митрополити майже не жили в Києві, маючи осідок у столичному Вільні або Новогрудку під Вільном.
Навесні 1416 Київ був спустошений і спалений ординцями Едигея, 1482 – кримським ханом Менглі-Гіреєм. Останній, пограбувавши Святу Софію, надіслав у дарунок своєму спільникові – московському князю Івану ІІІ золоту чашу й дискос із собору.
1497 у соборі покладено мощі вбитого татарами під Мозирем митрополита Макарія, який їхав до Києва для надання допомоги Святій Софії «разоренои тымы ж агаряны прежде». Як і попередні митрополити Київські литовської доби, Макарій резидував у Вільні та Новогрудку. 1495 рукоположений у сан митрополита православними єпископами Литви. Православна церква перебувала тоді в занепаді й потерпала від католицької експансії, внутрішніх чвар і розорення своїх маєтностей. Постійно здійснювали спустошливі набіги на землі України й татари.
За літописним повідомленням, Макарій загинув 1 травня 1497 під час татарського набігу у с. Скриголів (тепер Республіка Білорусь) неподалік Мозира. Тут він під час зупинки відправляв службу у місцевому храмі. Останки Макарія були перевезені в Київ і покладені в раку, встановлену під південною стіною Свято-Михайлівського вівтаря Софії. Як мученик за віру канонізований, однак час цієї акції невідомий. З повідомлення Е. Лясоти від 1594 ясно, що вже тоді Макарія шанували як святого, адже тіло його зберігалося нетлінним. Упродовж 430 років мощі Макарія були головною святинею Софії Київської. На межі 1920 – 30-х рр., після припинення відправ у Святій Софії, перенесені у Володимирський собор у Києві, де вони перебувають донині.
Після Люблінської унії 1569, коли утворилася Річ Посполита і Київ підпав під владу Польщі, Софія дедалі більше занепадала. У серед. 16 ст. київський городничий у своєму рапорті польському королю повідомляв про те, що на даху собору ростуть дерева. Про занедбаність храму повідомляли і львівський купець М. Груневег, котрий відвідав Київ 1584, і посол німецького імператора Рудольфа ІІ до запорожців Е. Лясота, який проїздив через Київ 1594.
Після Берестейської унії 1596 православна церква фактично опинилася поза законом. За цих умов влітку 1599 у Новогрудку помер перший уніатський митрополит Михаїл (Рагоза), який ще вагався у своїх симпатіях між Константинополем і Римом. На його місце прийшов енергійний Іпатій (Потій), один з ідейних провідників унії. Як відбувалася передача уніатській адміністрації митрополичої кафедри Святої Софії яскраво описано в судових документах 1600. Зустріч біля брами Верхнього міста представників митрополита Іпатія (Потія) возним генералом Л. Лозкою – київським підчашим та іншими була надзвичайно напруженою. Проте до відкритого збройного конфлікту не дійшло, уряд нового митрополита введено до собору. Деталі цього акту свідчать про занепалий стан собору.
Згідно зі складеним київським підчашим інвентарем (на 21 грудня 1600), уніатському митрополитові передавалися давні маєтки митрополії, захоплені Києво-Печерським монастирем. Печерська капітула на чолі з архімандритом Єлисеєм (Плетенецьким) не допускала уніатську адміністрацію до введення у володіння селами, що належали кафедрі Святої Софії. Процес поступового введення у володіння уніатської влади тривав до 1618 і був переведений у площину земельних судових конфліктів.
Для ведення цих справ 1610 митрополит Іпатій (Потій) призначив намісника Якуба (Хрушлинського) і висвятив на Видубицьку архімандрію Антонія (Грековича) – духовного намісника митрополії. Лист останнього від 1 березня 1610 (через місяць після прибуття до Києва) до Іпатія (Потія) свідчить про гостру конфліктну ситуацію в місті. Того ж року війт і бургомістр Києва разом з православним духівництвом звернулися до запорозьких козаків по допомогу проти Антонія (Грековича), який не допускав київських православних священиків до богослужінь у соборі Святої Софії, доки не підпорядкуються Іпатію (Потію), а А. Грековича не визнають за протопопа.
29 травня 1610 гетьман усього запорозького війська Г. Тусканевич прислав до київського підвоєводи М. Мишка-Холоневського грамоту, в якій просив стримати А. Грековича, тому що козаки «за церкву свою Східню і за віру грецьку готові голови покласти». Якщо ж А. Грекович перешкоджатиме православним служити в Софійському соборі, то козаки можуть «яко пса вбити його». 1618, вже після смерті Іпатія (Потія), погрозу було виконано: А. Грековича втопили в Дніпрі.
Смерть Іпатія (Потія) в 1613 і призначення на митрополита коад’ютора (намісника) митрополичого престолу Йосипа (Рутського) та формальне введення його того ж року у володіння маєтками кафедри мало що змінило в ситуації невизнання православними уніатської церкви та її влади. З 1620 акти фіксують збройні напади київських міщан на Софійську слободу. Того ж року невідомі пограбували собор Святої Софії. Слідство тривало кілька років. У переліку пограбованого майна значився срібний релікварій, що згодом опинився у церкві Успіння Пресвятої Богородиці (Пирогощі) на Подолі.
При храмі Святої Софії у цей час існував уніатський василіанський монастир. Його настоятелем був Олександр (Шкодлицький).
Тим часом храм руйнувався, було повністю розграбовано ризницю, виламувалося і розкрадалося каміння на стовпах і сходах, обдиралася свинцева покрівля. У 1-й чв. 17 ст. впала західна стіна, внаслідок чого головний вхід у собор виявився завалений її уламками.
У руйнуванні храму, поганому догляді за ним і грабунках православні й уніати взаємно звинувачували одні одних. З метою поліпшення стану київських церков, які були у віданні уніатського кліру, декретом польського короля 1626 до міста закликали василіан.
Проте цього ж року почався зворотний процес відбирання церков, маєтків і монастирів на користь православних.
Відомий лист короля Сигізмунда ІІІ до київського воєводи Т. Замойського з проханням підтримати василіан, відправлених митрополитом Йосипом (Рутським) для відбудови собору Святої Софії та відновлення богослужінь. 1630 в листі до кардинала Сантакроче митрополит Йосип згадує про часткову відбудову собору та про відновлення служби. Цього ж року архімандрит Києво-Печерського монастиря Петро (Могила) на чолі загону в 1 тис. підданих та 150 козаків напав на володіння уніатської митрополії на лівому березі Дніпра (Зазим’я, Погреби, Пухівка) та пограбував їх.